כאבי פנים ממקור עצבי נובעים לרוב מפגיעה בעצבי הפנים עקב טראומה ניתוח או מחלה. מחלות שכיחות שגורמות לכאבים כאילה הינם הרפס זוסטר ונאורלגיה טריגמינלית. כאבים מסוג זה עלולים להופיע גם אחרי ניתוחי מערות הפנים, או כתוצאה מלחץ של גידול על רקמה עצבית. האבחנה של סיבת הכאבים הינה מורכבת והטיפול כולל טיפול משולב תרופתי, בעיקר בתרופות אנטינוירופטיות, וחסמים עצביים עם סטרואידים, טיפול בגלי רדיו וטיפולים מורכבים יותר.